Baghdatisz 2003-ban megnyerte az ITF junior világbajnokságát és később csatlakozott az ATP Tourhoz.

2004-ben élete első GRAND SLAM tornáján, a US OPENEN a második fordulóig jutott, ahol a későbbi bajnok Roger Federer-től szenvedett vereséget. Az egész tornán rajta kívül csak Andre Agassi tudott szettet nyerni a világelső ellen.

2005-ben az Ausztrál Openen már a negyedik körig jutott, ahol ismét Federertől szenvedett vereséget.

A bázeli ATP versenyen eljutott első ATP-döntőjébe, ezzel ő lett az első ciprusi teniszező, aki ATP-döntőt játszhatott. A döntőt négy szettben elvesztette a chilei Fernando Gonzalez ellen.

Baghdatisz a 2006-os Ausztrál Openre nem kiemeltként érkezett, azonban hatalmas meglepetést okozva kiejtette a második kiemelt Roddick-ot a negyedik körben. Ezután folytatta menetelését egészen a döntőig, legyőzve a hetedik kiemelt Ljubicic-et, és a negyedik kiemelt Nalbandian-t. A verseny egyik fénypontját Baghdatisz tomboló szurkolótábora adta, ami főleg Melbourne nagy létszámú görög közösségéből állt. A döntőben végül négy szettben kikapott a világelső Federer-től.

Wimbledonban az elődöntőig jutott, legyőzve többek között a korábbi világelső Hewitt-ot is, ahol a második kiemelt Rafael Nadal-tól szenvedett vereséget.

A US OPEN-en a második körben Andre Agassi-val találkozott, aki korábban bejelentette, hogy visszavonul a verseny után. Agassi egy drámai ötszettes mérkőzésen 6-4, 6-4, 3-6, 5-7, 7-5 arányban kerekedett felül. Hiába vezetett már az amerikai 4-0-ra a negyedik szettben, a ciprusi visszaküzdötte magát, és megnyerte a szettet. Az ötödik szett elején görcsöt kapott Baghdatisz, ezért megpróbálta tie-breakre kényszeríteni Agassi-t, de végül az amerikai 6-5-nél el tudta venni az adogatását. Ez a meccs bizonyult Agassi utolsó profi győzelmének, mivel a harmadik fordulóban kiesett.

Még ebben az évben Baghdatisz megnyerte a China Open-t, ezzel első ATP tornagyőzelmét aratva, a döntőben Mario Ancic-ot legyőzve.

2007-ben ben nem tudta megismételni az előző év sikereit. Legjobb eredményei egy zágrábi tornagyőzelem, és a wimbledoni negyeddöntő voltak.

A 2008-as Ausztrál Open harmadik körében Hewitt-tól szenvedett vereséget egy máig emlékezetes ötszettes csatában, ami helyi idő szerint hajnali 4:34-ig tartott.